Ich weiss es nicht genau, aber ich würde so wenig wie möglich an den Mailcow-eigenen Skripten und Containern herumbasteln.
Was du tun könntest, wäre, Let’s Encrypt in Mailcow zu deaktivieren und die Zertifikate mit einem anderen ACME-Client (z. B. Certbot) manuell zu erstellen und anschliessend an die richtign Stellen zu kopieren.
Aber auch das würde ich dir nicht wirklich empfehlen. Ich würde stattdessen einfach die automatische Weiterleitung von HTTP auf HTTPS so einrichten, wie es in der Dokumentation beschrieben ist, und Port 80 offen lassen.
In der Praxis ist das nicht wirklich unsicherer, als Port 80 komplett zu schliessen, und hat zusätzlich den Vorteil, dass Browser, die nicht standardmässig HTTPS bevorzugen (was heutzutage zwar kaum noch relevant ist), automatisch nach HTTPS weitergeleitet werden, anstatt in ein Timeout zu laufen.
Auch wird die Gültigkeitsdauer von TLS-Zertifikaten in Zukunft weiter verkürzt werden. Dadurch wird eine manuelle Erneuerung zunehmend unpraktikabel und auf Dauer kaum noch sinnvoll umsetzbar sein.