100% Zustimmung bezüglich des viel zu langen Update-Zeitraums.
Du schreibst allerdings nicht, warum du nach dem Update das Backup wieder einspielen willst – hat das Update nicht funktioniert?
Ansonsten benötigt ein Restore mittels backup_and_restore.sh eine frische Installation, siehe https://docs.mailcow.email/de/backup_restore/b_n_r-restore/#wiederherstellung-der-daten:
Um ein Backup auf ein neues System wiederherzustellen muss mailcow initialisiert sein und gestartet sein! Installieren Sie also mailcow nach der Anleitung neu und warten Sie mit der Wiederherstellung so lange, bis mailcow in einem leeren Zustand läuft.
Deine Fehlermeldung sieht eher danach aus, als ob die Datenbank bereits Inhalte hätte.