In dem Beispiel in der Doku ist das die gelb hinterlegte Zeile (die zweite hier):
# Location: data/web/mysite.com
#root /web/mysite.com
Wenn du also in deinem mailcow-Verzeichnis unter data/web/
ein Verzeichnis (im Beispiel mysite.com) anlegst, hier den Namen anpasst und # entfernst, damit die Zeile wieder einkommentiert ist, würde nginx den Inhalt dieses Verzeichnisses ausliefern.
Die Zeile server_name mysite.example.org;
musst du natürlich auch anpassen.