Woher die abweichende Zahl bei SOGo kommt, weiß ich nicht.
Der Unterschied zwischen Gmail und mailcow liegt vermutlich daran, dass Gmail deine Mails in der Außensicht in vielen verschiedenen IMAP-Ordnern (virtuell) doppelt vorhält – unter “Alle E-Mails” sind z.B. wirklich alle Mails nochmal zu finden, also auch der Posteingang und die gesendeten Mails werden dort gedoppelt. Auch für getaggte Mails macht Gmail das ähnlich – eine Mail im Posteingang mit dem Tag “Newsletter” ist über IMAP (mindestens) 3x vorhanden: Posteingang, IMAP-Ordner “Newsletter” und natürlich nochmal in “Alle E-Mails”.
Bei einer Migration werden diese Mails dann einfach mehrfach auf dem Zielserver angelegt.
Zum Sync verwendet mailcow imapsync, das hat ein paar Optionen speziell für Gmail:
https://imapsync.lamiral.info/FAQ.d/FAQ.Gmail.txt
Damit kannst du mal experimentieren. Bei mir hat es damals trotzdem nicht wirklich gut funktioniert und ich hab das Konto hinterher größtenteils manuell aufgeräumt. Kann aber sein, dass neuere Versionen von imapsync das besser beherrschen.