Das ist kein Problem oder ein Bug.
Schau doch mal in die Docs: https://mailcow.github.io/mailcow-dockerized-docs/firststeps-ssl/
Es ist direkt im ersten Abschnitt.
By default, which means 0 domains are added to mailcow, it will try to obtain a certificate for ${MAILCOW_HOSTNAME}.
For each domain you add, it will try to resolve autodiscover.ADDED_MAIL_DOMAIN and autoconfig.ADDED_MAIL_DOMAIN to its IPv6 or - if IPv6 is not configured in your domain - IPv4 address. If it succeeds, a name will be added as SAN to the certificate request.
Only names that can be validated, will be added as SAN.
Es ist ganz einfach so, dass MAILCOW_HOSTNAME nicht validiert werden konnte. Die anderen Namen (siehe oben) schon. Daher sind alle validierten autodiscover.* und autoconfig.* Namen im Zertifikat. Nicht aber MAILCOW_HOSTNAME.
Aus deinem Log:
Found domains: autodiscover.md10.de, autoconfig.md10.de
Nur die beiden wurden validiert.
AUCH aus deinem eigenen Log:
acme-mailcow_1 | Sun May 31 12:27:48 CEST 2020 - Found AAAA record for mail.MYDOMAIN.net: MYIPv6 - skipping A record check
acme-mailcow_1 | Sun May 31 12:27:48 CEST 2020 - Confirmed AAAA record with IP MYIPv6, but HTTP validation failed
mailcow kann die HTTP-Validierung nicht durchführen: “acme-mailcow” versucht auf http://ZU_VALIDIERENDE_DOMAIN/.well-known/acme-challenge/RANDOM_STRING zuzugreifen (via IPv6 natürlich, da es einen AAAA gibt). Diese HTTP Validierung schlägt bei dir fehl. Das kann ganz einfach ein nicht korrekt konfigurierter Reserve Proxy sein oder - zum Beispiel - eine Firewall, die falsch oder gar nicht konfiguriert ist. ufw, firewalld oder sowas wie OPNsense ohne konfigurierte NAT-Reflection.
Das Update hat damit gar nichts am Hut. Das machen wir alles schon immer so. 😉
Wenn es NAT Reflection ist und du keine Ahnung oder Lust hast das zu fixen, sollte dir auch klar sein, dass andere Dinge - besonders in der UI - nicht richtig funktionieren werden. Anschließend kannst du SKIP_HTTP_VERIFICATION=y setzen und docker-compose up -d ausführen. Wenn es dann immer noch nicht geht, ist es keine NAT Reflection sondern einfach eine Fehlkonfiguration eines RP oder der FW.